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人类机体肠道中有数以万亿计的微生物，其中主要是细菌，他们共同组成了肠道菌群。大部分肠道细菌对人类宿主无害，然而诱发机体疾病的细菌同时也存在于肠道中。
大部分的细菌都对抗生素比较敏感，但人类肠道中也有一部分细菌会对抗生素耐受。来自伯明翰大学研究者Willem van Schaik教授团队通过将已知抗生素耐药性蛋白的结构与人类肠道中细菌所产生的蛋白质的结构进行对比，在人类肠道细菌中发现了数千个新型的抗生素耐药基因。
所鉴定出的耐药性基因大部分都存在于与人类宿主处于无害关系的细菌中，因此其或许并不会对人类健康构成直接威胁；然而，如今抗生素的不规范使用常常诱使耐药性基因转移到致病细菌细胞中，这会降低未来临床中使用抗生素治疗感染性疾病的有效性。
丰富多样的肠道微生物群可以促进健康，为人类宿主提供预防疾病的许多能力。相反，肠道生态系统的多样性差是慢性疾病的一个特征，包括肥胖，糖尿病，哮喘和感染炎症。
不合理的使用抗生素会破坏肠道菌群的平衡状态，使人们丧失正常的肠道细菌环境，进而造成不利的健康影响。因此，“抗生素虽然可以成为保护人类健康的福音，但只能根据明确的细菌感染原因进行使用“，研究负责人，诺和诺德基础代谢研究基金会Oluf Pedersen教授说。
研究发现，过量使用抗生素以后，肠道微生物群可以再生，这对我们的整体健康非常重要。然而，“在我们的一生中多次接触抗生素后，有益细菌可能永久性地丧失“，Oluf Pedersen说。